曲水藏语古称“吉麦”，意思是“河流交汇之邦”。

公元7世纪初，这里为“吉若江恩”邦（为西藏十二邦国之一），其中心在今曲水县南木乡江村一带，辖区包括曲水县境和堆龙德庆区乃琼街道，柳梧新区一带。7世纪上半叶，松赞干布统一青藏高原，建立统一的吐蕃地方政权后，设立新的行政机构，把吐蕃全境分为5个戎，下设东迪、域参两级军政合一的管理机构。以今拉萨为中心建立的“卫茹”，下辖10个东迪，今曲水县辖境属于“吉麦东迪”，由吐蕃韦氏家族统领。“吉麦”千户府境内又设有赛曲水、昌布两个域参管理所辖区域内的民事和行政事务。赛曲水、昌布两个域参治所分别在今曲水县城和才纳乡一带。在吐蕃地方政权强盛时期，在曲水境内的吐蕃王室还在此地修建过王宫。

9世纪中叶，吐蕃发生内乱，赞普达玛被杀，其两个王子威松和云丹为争夺王位，各据一方。云丹及其后裔占据原卫茹大部分辖境，包括今拉萨河流域，曲水大部分地方为其领地，其他一些地区分属于一些当地贵族的势力范围。

13世纪，元朝建立后，在中央设立宣政院，总理全国宗教事务和藏区行政事务，并设“乌斯藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府”管理藏区军政事务。同时，中央政府扶持西藏地方藏传佛教萨迦派建立西藏地方政权，即萨迦地方政权，由萨迦派宗教领袖同时出任“宣慰使司都元帅府”首领，管理西藏地方事务。萨迦地方政权之下设有13个万户府，具体管理和负责处理各自地方的军政事务，今曲水县辖境的部分地区由蔡巴（《元史》称“搽里巴”，治所在今拉萨市城关区蔡公堂村）万户府管理。

14世纪50年代，藏传佛教噶举帕木竹巴派首领、帕木竹巴万户长绛曲坚赞起兵攻打萨迦，推翻了萨迦地方政权，建立了以乃东为中心的帕木竹巴地方政权。帕木竹巴地方政权建立后，绛曲坚赞在西藏全境大力推行宗溪制度，设立13个宗级地方行政机构，史称十三大宗。其中曲水为“亚松曲水伦布孜宗”，为十三大宗之一。取“亚松曲水伦布孜宗”之名，含有“三水汇合之地巍峨之巅之宗”之义。“亚松曲水”意即三水汇合之处，指雅鲁藏布江、拉萨河、曲水曲甫河汇合之地，“伦布孜”意即巍峨之巅。曲水设宗后，其行政长官宗本由帕木竹巴地方政权首领委派。帕木竹巴第5任摄政扎巴坚赞（1409—1434）时，委任地方势力乃巴家族为曲水伦布孜宗宗本。1485年，仁蚌巴家族首领敦月多吉攻打雅砻地区，同时占领了曲水，废除了帕木竹巴地方政权委任的宗本，由仁蚌巴家族成员出任曲水宗宗本。

15世纪初期，曲水地区改属为吉雪第巴（驻所地为今达孜区达孜村）的辖区。后又由当地的噶丹南喀嘉布家族出任宗本，史称“第巴曲水”。15世纪上半叶，以今日喀则为中心的藏巴第悉（汉籍称藏巴汗）政权兴起，占领了前藏地区，曲水一地亦属于藏巴第悉政权统辖。

1642年，第五世达赖喇嘛在驻牧青海的蒙古族和硕特部首领固始汗的帮助下，在拉萨建立甘丹颇章地方政权，曲水宗为西藏地方政府管辖下的宗级地方行政机构，由西藏地方政府直接委派宗本。1675年，摄政洛桑金巴在拉萨布达拉宫前的雪城设立“雪列空”机构，管理布达拉宫城墙内外“雪”地及其近郊18个宗溪的行政、治安和赋税。今曲水县境内的南木乡江村、南木村，曲水镇茶巴朗村，才纳乡才纳村、协荣村和聂当乡德吉村、热堆村等直接隶属于“雪列空”。根据1830年西藏地方政府编制的《铁虎清册》记载，曲水宗境内寺院庄园土地面积为82“顿”又1/4“顿”，贵族的庄园土地面积为47“顿”又1/4“顿”，地方政府庄园的土地面积为157“冈”又1/5“冈”，境内共有21000藏克土地，寺院拥有8000余藏克，贵族拥有4700余藏克，地方政府拥有7800余藏克。1842年（藏历第14饶迥水虎年），西藏地方政府重新核定各宗溪等级时，确认曲水宗为43个由六品官员出任宗本的宗溪之一，属于中等宗一级机构。

20世纪50年代，曲水宗所辖地区，东西从多加例（今南木乡江村）至夏克（今茶巴拉乡色麦村）；南北从吉曲河（拉萨河）到南木乡与曲水县交界处。辖区包括今曲水镇、达嘎镇、茶巴拉乡以及南木乡的部分地方。

1959年3月，进行平叛改革，拉萨市军事管制委员会派出工作组，进驻曲水。4月8日，成立曲水宗军管会。9月9日，设立曲水县人民政府，以原曲水宗和原属雪列空的协荣溪、聂当溪、南木甲冈溪以及原属尼木地方门喀尔溪卡的色麦顶村、悦却村、许村为基础，设曲水区、聂当区、才纳区、达嘎区、色麦区5个区，下设17个乡。

2000年,全县辖5乡1镇,114个行政村,6903户,人口29690人。其中农牧民28057人。

2010年,全县辖5乡1镇、17个行政村、132个村民小组。

2017年，全县辖5乡1镇、19个行政村、133个村民小组。

2019年，全县辖4乡2镇、19个行政村、133个村民小组。

2026年，全县辖4镇2乡、20个行政村，144个村民小组。